要保護玻璃的表面不被腐蝕和劃傷，在堆放和運輸時兩片玻璃之間要保持有一個物理的和化學的隔離層，玻璃之間的墊層具有保護玻璃的表面不被病蝕和劃傷的功能，一般來說，紙和粉末是平板玻璃工業采用的兩種主要隔層材料。
一、墊紙：作為兩玻璃片之間的物理分隔物的紙可進行酸性處理，以便與包裝中玻璃表面上積留的堿進行中和反應(如鈉鈣玻璃表面呈堿性)。但是，在實際生產中自動化玻璃包裝設備采用紙墊層，是不現實的。玻璃在使用時，按照目前的做法要求人工取下玻璃包裝紙，再用手將它們堆積或收集起來，二次利用或扔掉。
二、噴粉：適用于玻璃機械包裝，機械包裝減少了人工搬運時損壞玻璃的可能性。機械包裝所用的粉隔離層是酸性防發霉粉。
玻璃深加工過程中，無論玻璃原片使用的是何種墊層，都必須除去。紙墊層取下以后，玻璃的表面會留下一層由可萃取的有機物質造成的薄霧或沫子。大多數情況下，這種薄沫是可以用清洗劑溶液洗去的表面殘留物。但有時，這些有機物質會與玻璃表面中的堿反應，形成一種化學反應污染物，通常稱其為紙斑，是相當難除去的。
粉墊層的防發霉粉可以通過清洗除去，玻璃表面的粉塵遇水時，溶于水的防腐劑溶解在水里，水流把它們同分散的顆粒一起從玻璃表面上沖走。基于這個原因，水沖洗系統尤其適用于粉墊層的清除。
當玻璃尺寸妨礙機械清洗或無法使用清洗機時，可以用人工清洗。此外，進清洗機之前要對玻璃表面一些不溶于水的污穢，如膠帶或標簽上的膠、重油脂和焦油等，進行預清洗。
